Эрүүл мэндийн даатгалын ерөнхий газар нь Монгол Улсын Засгийн газрын 2017 оны 12 сарын 13-ны өдрийн 344 дүгээр тогтоолоор байгуулагдсан.
Эрүүл мэнд, нийгмийн даатгалын ерөнхий газраас Эрүүл мэндийн даатгалын ерөнхий газарт чиг үүрэг шилжснээр даруй дөрвөн жил өнгөрчээ. ЭМДЕГ нь байгуулагдсан цагаасаа эхлэн даатгуулагч төвтэй, шинжлэх ухааны нотолгоонд суурилсан, эмнэлзүйн хувьд үр дүнтэй, эдийн засгийн хувьд үр ашигтай тусламж, үйлчилгээг даатгуулагч-иргэдэд тэгш хүртээмжтэйгээр худалдан авах боломжийг бүрдүүлэхийн зэрэгцээ тусламж, үйлчилгээний чанар, төлбөрийн хяналтын тогтолцоог боловсронгуй болгох, тасралтгүй хөгжүүлэх зорилгыг тавин ажиллаж байна.
2021 онд Эрүүл мэндийн даатгалын томоохон шинэчлэлүүдийг хэрэгжүүлж, Эрүүл мэндийн салбарт нэг худалдан авагчийн тогтолцоо бүрдэж, бүх төрлийн тусламж үйлчилгээг Эрүүл мэндийн даатгалын сангаас 700-100 хувь санхүүжүүлдэг болсон нь даатгуулагч-иргэдийг эрүүл мэндээс үүдэлтэй санхүүгийн эрсдэлээс хамгаалах боломжийг бүрдүүлсэн юм
